Cuando hay subsidiariedad al pago de prestaciones laborales?

Resulta que una comision X contratato a dos personas para desarrollar
proyectos de fiscalizacion en una unidad tecnica; pero para el pago
de dichas empleadas realizo un convenio con otra institucion quien
iba a financiar dichos salarios; ellas fueron despedidas indirectamente.
Y la pregunta ahora es: Quien tiene que pagar las prestaciones laborales
de estas dos personas?, la comision que fue quien las contrato o la otra
institucion que aporto economicamente para dichos salarios..